新华制药被信永中和出具否定意见内部控制审计报告的原因是：新华制药子公司山东新华医药贸易有限公司（以下简称“医贸公司”）内部控制制度对多头授信无明确规定，在实际执行中，医贸公司的鲁中分公司、工业销售部门、商业销售部门等三个部门分别向同一客户授信，使得授信额度过大；医贸公司内部控制制度规定对客户授信额度不大于客户注册资本，但医贸公司在实际执行中，对部分客户超出客户注册资本授信，使得授信额度过大，同时医贸公司也存在未授信的发货情况。上述重大缺陷使得新华制药对山东欣康祺医药有限公司（以下简称“欣康祺医药”）及与其存在担保关系方形成大额应收款项6,073万元，同时，因欣康祺医药经营出现异常，资金链断裂，可能使新华制药遭受较大经济损失。